O Programa Saúde na Escola (PSE), que agora faz parte dos programas que atuam na cidade,  tem o objetivo de reforçar a prevenção à saúde dos alunos e construir uma cultura de paz nas escolas.

Os profissionais observam os alunos através de três componentes: primeiro, acontece a analise, através de avaliações, como a oftalmológica; auditiva; nutricional e psicossocial. O segundo componente do programa consiste em ações de promoção da saúde e prevenção, que envolvem ações de promoção da alimentação saudável; das práticas de atividades físicas nas escolas; além de educar sobre a saúde sexual, reprodutiva e prevenção às DST/AIDS. Por sua vez, a terceira etapa refere-se à combinação da educação permanente e capacitação de profissionais da educação nos temas da saúde para atuarem no próprio programa.

De acordo com informações do portal do MEC, todas as ações do programa são possíveis de serem realizadas nos municípios cobertos pelas equipes do Programa Saúde da Família. Na prática, o que ocorrerá será a integração das redes de educação e do Sistema Único de Saúde.